Hidrografia de Huichapan.

Cuenta con el río San Francisco que tiene como principal tributario el arroyo Hondo y cruza el municipio en su parte media, de Sur a Norte, la presa Francisco I. Madero cuyo vaso filtrante da origen a una unidad de riego, sensiblemente paralela al río San Francisco, con el río Pathecito que al juntarse con el arroyo Nicamu, da origen al río Tecozautla, ya en jurisdicción del municipio del mismo nombre. La población cuenta con manantiales de aguas termales en Pathecitoy de agua potable localizados en Sabina Grande, San José Atlán y Sabinita.