El nombre de Huichapan deriva de las raíces Nahoas Huexoapan huexotl, "sauce", atl, agua y pan, "río" que significa "ríos de los sauces".
Algunos historiadores opinan que su nombre primitivo es Hueychiapa, que significa "sobre el agua de la chía" o en "el río de la chía".
La historia de Huichapan comienza un 14 enero de 1531, fecha de su fundación. En aquel entonces estaba bajo el mando de los españoles, por medio del cacique o Gran Tlatoani de Jilotepec, Don Nicolás Montaño o Montañez.
Los primeros habitantes de este lugar fueron españoles y lo nombraron Valle de San Mateo Huichapan, una región montañosa muy pequeña donde sobresalen los cerros de El Hualtepec y Buena Vista.
Durante el movimiento de independencia encabezado en primer término por Don Miguel Hidalgo y Costilla, allá por el año 1812, los territorios insurgentes se dividieron en cuatro capitanías generales ubicadas de acuerdo a los puntos cardinales, siendo Huichapan de la parte norte del Estado de México, así como la Sierra Gorda de Querétaro.
Estos territorios estaban controladas por el Gral. Julián Villagrán Callejas llamado el "Viejo" y por su hijo José María (chito) Villagrán, quienes simpatizaron con el movimiento independentista junto con otros notables Huichapenses.
El día 23 de agosto de 1812, el Gral. y Lic. Ignacio López Rayón envía de Tlalpujahua Michoacán a Huichapan, la Imprenta Nacional Americana y papel suficiente para la publicación de proclamas y de otros escritos que propagasen el deseo de la independencia, ésta es resguardada por un fuerte contingente de artillería al mando del Teniente Coronel Alcántara, y es instalada en un salón adjunto al Chapitel.
El 13 de septiembre de 1812, López Rayón ordena inmediatamente a su llegada a Huichapan, la impresión de la Proclama de la Junta Suprema de la Nación, 4 gacetas del periódico "El Ilustrador Americano".
En Huichapan, Don Andrés Quintana Roo dio lectura del manifiesto de la junta suprema de la nación en el segundo aniversario del 16 de septiembre de 1812, en donde se nombra a Huichapan como cuartel general, palacio nacional de América y capital de la misma.
En este mismo acto López Rayón agradece al pueblo su valiosa participación en la lucha armada, da especialmente menciona a Don Julián Villagrán, y su hijo llamado "Chito", personajes que encabezaron el movimiento de Independencia en esta región y que finalmente fueron fusilados y decapitados; Chito Villagrán el 14 de mayo de 1813 y su padre el viejo Villagrán, un 21 de Junio de1813.
Después de haber caído la plaza de Huichapan por los realistas, la gran mayoría de su población fue detenida, diezmada y 43 fueron sacrificados en la parte poniente de la plaza principal y lado sur del jardín, que hoy queda frente al palacio municipal y en cuya esquina se encuentra una placa en donde se le da el nombre de Plaza de los Mártires de la Independencia.